على الرغم من المميزات العديدة في جهاز آيفون6 والتي جعلته في قائمة
الهواتف المتطورة لشركة آبل فإن آيفون6 له بعض العيوب، ولأن آيفون6 كأي جهاز فيمكن أن يتواجد فيه العديد من العيوب والعديد من المميزات أيضا،
وبعض هذه العيوب منها أن الهاتف يمكن أن يتعرض للانحناء وللتشوه ويمكن أن يتلف
الجهاز تماما إذا تم وضعه بالجيب، فالجهاز يتقوس ويتشوه إذا لم يتم الحفاظ عليه
وعدم وضعه في الجيب وتخصيص مكان خاص بالجهاز حتي لا يحدث له ضرر حيث أن الجهاز
يسهل كسره ببساطة، وقد حاولت شركة آبل الدفاع عن نفسها بأن بعض الأجهزة وليس كلها
هي التي كسرت عند وضعها في الجيب ولكن يوجد بعض الأجهزة الأخرى لم يحدث لها ذلك
وأن أجهزتها تعمل بكفاءة.
هناك عيبا آخر في آيفون 6 حيث شكا الكثير من مستخدمين الجهاز من بعض المشاكل في شبكات الهاتف، و كذلك
مشكلة وعدم قدرة الجهاز على تفعيل قارئ بصمات الأصابع وذلك
بعد تحديث الجهاز، ويقال أيضا من بعض العيوب في الجهاز انخفاض عمر البطارية ووجود
بعض البطء في استخدام الانترنت اللاسلكي، يمكن أيضا اختراق الجهاز ويتميز بقلة
الدقة، وقد اوضحت شركة آبل أنها سوف تعالج مشكلة نظام التشغيل في الجهاز وأنها
ستقوم بعمل نسخة محدثة من نظام التشغيل لمعالجة المشاكل التي تلقتها من آيفون6، وتحاول
الشركة تصليح عيوب آيفون6 على قدر المستطاع.